تعدّدت مصادر تسمية المدينة بهذا الاسم، فوفقا للأساطير تعود تسميتها إلى “يافث” أحد أبناء النبي نوح، كما ذكرت اسم يافا في أحد البرديات المصرية القديمة باللغة الهيروغليفية (بردة زينون) خلال عهد الملك تحتمس الثالث، وكان يطلق عليها 'يابو'، وفي اليونانية القديمة أطلق عليها 'يوبا'، ويقال أيضا إن الاسم مشتق من الكنعانية القديمة 'يافا'، أي مدينة الجمال والروعة، وورد اسمها أكثر من مرة في التوراة تحت اسم "يافو".