يتميز المجهر الضوئي المركب عن المجهر الإلكتروني الماسح بـ :
- المجهر الضوئى أبسط وأسهل في الاستخدام من المجهر الإلكتروني.
- تكلفة المجهر الضوئي أقل من المجهر الإلكتروني.
- المجهر الضوئي حجمه صغير، أما المجهر الإلكتروني حجمه كبير.
- يحتاج استخدام المجهر الإلكتروني إلى خبرة عالية، أما المجهر الضوئي فهو سهل الاستخدام ويتعلم على استخدامه طلبة المدارس والجامعات.
- يمكن مشاهدة الأشياء بالمجهر الضوئي مباشرة بالعدسة، أما المجهر الإلكتروني فيتطلب استخدام شاشة إلكترونية؛ لأن العين البشرية غير قادرة على رؤية الإلكترون مباشرة.
- لا يمكن رؤية أي مادة حية بالمجهر الإلكتروني وهذا على عكس المجهر الضوئي.
- المجهر الضوئي يستخدم الطول الموجي بين ٤٠٠-٦٠٠ نانوميتر، أما المجهر الإلكتروني يستخدم حزم من الإلكترونات طولها الموجي ١ نانوميتر.
- المجهر الإلكتروني له دقة أعلى من المجهر الضوئي.
- المجهر الإلكتروني يعطي صورة أكثر تفصيلًا للأشياء بالمقارنة مع المجهر الضوئي.
- المجهر الإلكتروني يعطى صورة ثلاثية الأبعاد، أما المجهر الضوئي يعطي صورة ثنائية الأبعاد .
- عملية معالجة العينات عند الرؤية بالمجهر الإلكتروني تتطلب أمور أكثر تعقيدًا مقارنةً بالمجهر الضوئي.
- المجهر الإلكتروني له قدرة على تكبير الأشياء أكثر من مئة مرة مقارنة مع المجهر الضوئي.
- المجهر الضوئي يعطي الصورة بالألوان المرئية العادية (ألوان الضوء)؛ لأن المجهر الضوئي يستخدم الضوء المرئي، أما المجهر الإلكتروني فيعطي صورة باللون الرمادي أو الأبيض والأسود وبكفاءة أعلى.