المجهر التشريحي عبارة عن عدسة أو عدستان عينيتان وعدسات شيئية مختلفة العدد، ويستعمل هذا المجهر لفحص الحيوانات والنباتات الصغيرة وأجزائها، والتي لا نستطيع مشاهدتها بالعين المجردة.
لأنه يستخدم في تشريح خلايا وأنسجة الحيوانات والنباتات وغيرها، وذلك لإجراء الاختبارات والتجارب العلمية الدقيقة على الأجزاء التي لايمكن رؤيتها بالعين المجردة.