هناك عدة نظريات تفسر سبب التسمية :
1) بسبب صعوبة الملاحة فيه (قليل الملوحة) بسبب طبيعته القاسية ورياحه العاتية، فيكون تركيز الطحالب الدقيقة أعلى كثيراً، مسبباً اللون الداكن، وهو السبب الأكثر شهرة.
2) اقتران اللون الأسود بالموت الذي كان مصير الكثير ممن عبروا مياه هذا البحر وانتهى بهم المطاف في أعماقه.
3) كثرة السحب والضباب المحيط بمنطقته مما يجعله داكناً وأغلب السحب التي تتكون فوقه تكون سوداء اللون بسبب الموقع الجغرافي للبحر مما يمنع وصول ضوء الشمس إليه وبالتالي ينعكس اللون الأسود عليه.
4) سبب التسمية يرجع إلى الكلمة اليونانية بونتوس أكسينوس المشتقة من اللغة الفارسية والتي تستخدم للتعبير عن كل ما هو داكن اللون.